1998년 행정법원의 출범과 함께 대부분의 행정소송이 3심제가 되었으나 공정거래 행정소송만 그 동안 2심제로 유지되어 왔다. 아마도 공정거래사건의 전문성과 특수성을 고려한 것으로 이해된다. 그러나 공정거래사건이라고 해서 조세 등 기타 행정사건보다 더 전문성이 강하다고 볼 수는 없다. 행정법원 자체가 재판의 전문화를 지향하는 것으로서 전문분야일수록 전문법원인 행정법원이 재판을 해야 한다. 실제 행정소송의 3심화 이후 행정법원은 법리의 발전이나 국민의 기본권 보장 측면에서 매우 긍정적인 역할을 하여 온 것으로 평가되고 있고, 전문성의 부족이 문제된 적은 없다.
일본은 종전에 우리나라와 같이 고등재판소가 공정거래사건을 1심으로 담당하도록 하였으나 최근 법률을 개정하여 동경지방재판소 전속관할로 하고 일반 행정사건과 마찬가지로 3심제를 도입하였다. 동경지방재판소 전속관할로 한 것은 재판의 전문성 때문이라고 한다. 우리나라도 전문법원인 서울행정법원을 전속관할로 하면 법원의 전문성 측면에서 문제될 것이 없다.
공정위는 현재 소추기관과 심판기관을 겸하고 있기 때문에 법원과 같은 정도로 대심적인 구조를 갖추고 피심인의 방어권을 보장할 수 없다. 그리고 공정위는 행정기관이기 때문에 그 속성상 언론과 국회 내지 이해관계인들에 대하여 독립성을 유지하기 어렵다. 그런데 최근 들어서는 공정위의 과징금 규모가 수백억 내지 수천억에 이르고 해당 사업자의 비즈니스 모델을 변경하도록 강제하는 등 그 결정의 파급효과가 매우 커졌고 갑을 관계 논란에서도 알 수 있듯이 사회적인 관심을 끄는 결정들이 많아졌다. 이처럼 공정위의 결정이 당사자에게나 사회적으로 점점 더 중요해지는 데 비하여 피심인의 방어권 보장은 오히려 3심제가 보장된 다른 행정사건만도 못하고, 3심급을 통한 법원의 신중한 판단을 받지 않아도 된다는 것은 모순이다. 최근 일본이 3심제를 도입한 것은 바로 이러한 우려를 고려한 것이다.
혹자는 신속한 시정이 필요하기 때문에 1심이 면제되어야 한다고도 하나 이는 잘못이다. 3심제가 도입된 다른 행정사건과 비교하여 공정거래사건을 특별히 취급할 이유가 없으며, 행정법원이 전문화되고 법리가 발전되면 오히려 더 신속하고도 정확한 판결이 가능해진다. 일본이 이러한 사정을 모르고 3심제를 도입한 것은 아닐 것이다.
따라서 공정거래사건을 다른 행정사건과 마찬가지로 3심제로 전환하되, 사건의 전문성을 감안하여 서울행정법원 전속관할로 개정하여야 한다. 공정위가 세종시에 소재하므로 대전지방법원 관할도 추가로 검토할 만하다. (2014. 1. 6.)